No Salão de 1805, seu quadro Napoleão Prestando Homenagem à Bravura Malsucedida recebe menção honrosa do Instituto de França e é comprado pela Assembléia Legislativa. A queda de Napoleão Bonaparte, em 1815, faz com que Debret seja isolado do meio artístico.
Aceita, então, o convite de Joaquim Lebreton para integrar a missão francesa no Brasil, junto com Nicholas Tonay, Auguste Marie Taunay e Grandjean de Montigny, entre outros. Durante a estada no país realiza retratos da família real, quadros históricos e gravuras que mostram os costumes e os personagens do Rio de Janeiro na época de dom João VI.
As pinturas Retrato de Dom João e Desembarque da Arquiduquesa Leopoldina e os esboços de Aclamação de Pedro I e Sagração de Pedro I estão entre as mais importantes contribuições iconográficas para a documentação histórica do Brasil.