Envolve-se com movimentos nacionalistas de independência e, acusado de subversivo pelo regime português, é banido de seu país em 1970. De volta no ano seguinte, ajuda a fundar a Frente Revolucionária de Timor Leste Independente (Fretilin). Em 1975, a organização proclama a independência do país, mas em seguida ele é invadido pela Indonésia.
Quatro de seus 11 irmãos são mortos por militares indonésios. Em 1976 é obrigado a fugir para os Estados Unidos, onde se torna representante permanente da Fretilin na ONU (Organização das Nações Unidas). Em julho do ano seguinte, Timor Leste é anexado à Indonésia. Em 1990 vai para a Austrália.
Em seu exílio nos dois países, desenvolve intensa campanha de denúncia das atrocidades cometidas pelos invasores, que deixam mais de 100 mil mortos numa população de 650 mil. Em 1996 recebe o Prêmio Nobel da Paz, com o compatriota Carlos Filipe Ximenes Belo. Publica Saga Inacabada de Timor Leste (1987), Amanhã em Dili (1994) e Timor Leste (1996).
Em julho de 1999, após 24 anos de exílio, volta a Timor Leste com autorização do governo indonésio para participar de negociações de paz entre partidários e opositores da independência do território.