Milton Almeida dos Santos nasce em Brotas de Macaúbas, filho de professores primários. Alfabetizado pelos pais, começa o ginásio em Salvador em 1937. Com 15 anos, já dá aulas particulares de geografia. Estuda direito, chega a advogar em Ilhéus, mas paralelamente ensina geografia em escolas públicas.
Mais tarde se muda para Salvador, onde continua lecionando, agora em universidades, além de trabalhar como repórter no jornal A Tarde. Em 1950 doutora-se em geografia pela Faculdade de Estrasburgo, na França. Com o golpe militar, em 1964, passa 100 dias preso em Salvador. Libertado, deixa voluntariamente o país e segue para a França.
É nomeado professor da Universidade de Bordeaux e ensina na Sorbonne, em Paris. Posteriormente vai para os Estados Unidos (EUA), onde faz pesquisa no Instituto de Tecnologia de Massachusetts (MIT) e dá aulas na Universidade de Columbia, em Nova York. Também ensina em Toronto, no Canadá, e presta consultoria sobre questões urbanas aos governos da Argélia e de Guiné-Bissau.
Volta ao Brasil em 1977. Em 1984 é aprovado em concurso da Universidade de São Paulo (USP), na qual é hoje professor emérito.