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Em 1969 chama a atenção da crítica europeia com o filme Sinais de Vida, que relata o drama de três soldados alemães perdidos na Grécia. Mais tarde recebe uma bolsa para estudar nos Estados Unidos (EUA). Filma em diversos países: Peru, onde roda Aguirre, a Cólera dos Deuses (1972); Brasil, Fitzcarraldo (1981); Irlanda, Coração de Cristal (1976); e Holanda e Tchecoslováquia, de onde vêm, respectivamente, Nosferatu e Woyzeck (1978).
Em 1974 escolhe para título original de seu filme O Enigma de Kaspar Hauser a frase "cada um por si e Deus contra todos", do livro Macunaíma, de Mário de Andrade. Em 1983 filma Onde Sonham as Formigas Verdes - em que toma a defesa dos aborígines da Austrália contra as companhias de mineração. Outro filme de destaque é Cobra Verde, de 1987.
Na década de 90, publica o roteiro de seus filmes e faz documentários para a televisão, como Sinos da Alma (1993), em que mostra as diferentes seitas desenvolvidas em torno do mito de uma cidade submersa em um lago. Em 1995 lança Morte para Cinco Vozes e em 1999 Meu Inimigo Particular, dedicado ao falecido ator Klaus Kinski, estrela de muitas de suas produções.
