Em 1792 adoece e fica surdo, fato que influencia sua produção posterior, marcada pelo realismo das imagens e pelo tom grotesco e soturno. Torna-se o primeiro pintor da corte de Carlos IV em 1799, permanecendo no cargo mesmo após a invasão napoleônica.
Com a restauração da Monarquia espanhola, em 1814, realiza Dos de Mayo e Tres de Mayo, retratando episódios da guerra. Nesse ano é interrogado pelo Tribunal da Inquisição por causa do quadro La Maja Desnuda (1800-1805), que mostra um nu feminino.
Utiliza-se da caricatura para exprimir sua crítica ao absolutismo espanhol. Ainda assim fica na corte até 1820, quando se isola em sua quinta. Destaca-se também por suas gravuras, como a série Los Desastres de la Guerra (1810-1814), uma visão sombria da condição humana. Em 1824 passa a viver na França, onde morre.