Pelos serviços prestados, dom Pedro I lhe concede o posto de coronel das milícias e o nomeia comandante da fronteira sul do país. Sua destituição desse cargo, durante a regência do Padre Diogo Feijó, é o estopim da Revolução Farroupilha, em 1835. Bento Gonçalves entra em Porto Alegre e derruba o presidente da província, Antônio Fernandes Braga.
Com o apoio da população, resiste às primeiras reações legalistas. No mês seguinte enfrenta as tropas regenciais, é derrotado e preso. Mandado para a Bahia, é encarcerado no Forte do Mar. Durante sua prisão, os farroupilhas proclamam a República Rio-Grandense, em 11 de setembro de 1836.
No ano seguinte, com a ajuda de liberais baianos, Bento Gonçalves foge do cárcere e volta para o Rio Grande do Sul. É aclamado presidente da República Rio-Grandense, posto no qual se mantém até a derrota final dos revoltosos, em fevereiro de 1845.