Vive com a condessa Marie d''Agoult, com quem tem um filho e duas filhas (a última, Cosima, casa-se com Richard Wagner). Em 1844, separa-se da condessa e passa a viver com a princesa Caroline Sayn-Wittgenstein, em Weimar. Trabalha como diretor de ópera do Teatro de Weimar, tornando-o um centro musical importante.
É considerado líder do movimento musical neo-alemão e divulga a música de Wagner. Recolhe-se à Ordem Terceira de São Francisco, em Roma, e torna-se abade, depois de deixar a princesa e abandonar o cargo de diretor em Weimar, recusando o sucesso e a glória.
Nesse período, compõe obras que antecipam o atonalismo expressionista alemão. Entre elas, Harmonias Poéticas e Religiosas (1848) e a sinfonia Fausto (1855). Com as 19 Rapsódias Húngaras (1846-1885), divulga para o mundo a música de seu país. Seu trabalho inclui peças para piano, sinfonias e missas. Morre na cidade alemã de Bayreuth, onde passa os últimos anos de vida, com Cosima e Wagner.